בתוך ישיבת מרכז הרב מתקיים כולל דיינות בראשות הרב הדיין אבי גאופטמן שליט"א בוגר הישיבה. תלמידי הכולל נגשים לבחינות דיינות של הרבנות הראשית לישראל.
